2008年――謎の勢力の出現により、アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。秩序維持を担う組織「SSC」に蹂躙され、オタクは滅びたかに思われた――だが、封鎖されたアキバを奪還し、反旗を翻す者たちが現れる。若き革命者「オタクヒーロー」――何よりもオタク文化を愛し、誰よりもアキバを愛する男。そして彼を慕う3人の魔法少女たち――「アナーキー」「ブルー」「ピンク」。2011年の日本を舞台に、自由の旗のもとに集ったオタクたち――アキバ革命軍は、SSC首領「SHOBON」との壮絶な戦いに挑む。混沌も秩序も破壊して、好きなものを好きなだけ好きといえる世界のために。自由の旗のもとに集ったオタクたちよ、奪われた文化を取り戻すべくOTAKUCOUNTERCULTUREを巻き起こせ！
